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Première publication du projet QMC@home (chimie quantique)

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Fm82290
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Première publication du projet QMC@home (chimie quantique)

Message par Fm82290 le Mer 18 Nov - 15:18

Martin Korth, Arne Lüchow, et Stefan Grimme

Institut de Chimie organique, Université de Münster, Corrensstrasse 40, D-48149 Münster, Allemagne et Institut de Chimie-Physique, Ecole supérieure polytechnique de Rhénanie-Westphalie,D-52056 Aix-la-Chapelle, Allemagne.

"Les calculs Monte Carlo Quantiques (QMC) sur les complexes de paires de bases adénine/thymine (A/T) et cytosine/guanine (C/G) empilées (st) et en conformation de Watson/Crick (wc) ont été rendus possible grâce au premier projet de calcul distribué à grande échelle avec des méthodes de chimie quantique ab-initio, Quantum Monte Carlo at Home (QMC@HOME). Les résultats pour les énergies d’interaction (wc-A/T = 15.7 kcal/mol, wc-C/G = 30.2 kcal/mol, st-A/T = 13.1 kcal/mol, st-C/G = 19.6 kcal/mol) sont tout à fait comparables aux meilleures estimations basées sur la théorie du cluster couplé. La précision de ces valeurs est corroborée par des calculs sur le "benchmark" (repère) S22 constitué par l’ensemble des systèmes liés non-covalents, pour lesquels nous obtenons une plus petite déviation absolue moyenne de 0.68 kcal/mol. Nos résultats sont en accord avec de précédentes recherches montrant que les énergies d’empilement ont une échelle comparable aux interactions sur le thème des liaisons des atomes d’hydrogène communément discuté. De plus, nous avons montré que QMC peut être une intéressante alternative aux méthodes de fonction d’onde traditionnelles pour les grands systèmes liés non-covalents. Nous avons aussi étudié en détail tous les paramètres techniques des simulations QMC et recommandons une procédure d’optimisation prudente des facteurs de corrélation Jastrow de manière à obtenir des résultats numériquement stables et fiables."

Malheureusement, la consultation de l’article dans sa totalité n’est pas gratuite durant la première année de sa publication (comme c’est tristement l’usage dans ce domaine de recherche). J’essayerai de voir si je peux faire quelque chose, vous trouverez ci dessous un court extrait (plus de détails vont suivre sur la page d’accueil)

"Remerciement : ce travail est soutenu par la Deutsche Forschungsgemeinschaft (Association allemande pour la recherche ou DFG) dans le cadre du SFB 424 (unité de recherche spéciale 424). Les auteurs remercient J. Budde, M. Heinrich, C. Diedrich and C. Mück-Lichtenfeld pour leur assistrance technique ainsi que les plus de 18.000 volontaires à travers le monde pour leur soutien au projet, et tout spécialement K. Marks D. Sutton."

Chimie quantique 2 Les plus petits systèmes fonctionnement correctement, et après plusieurs problèmes avec les plus grands systèmes (conformères tripeptide, repliement d’alcane, empilement), je pense avoir trouvé une solution à ces problèmes (les unités améliorées qui ont des noms se terminant par *exp-4L, *-ecp2/3 et *exp-4l-ecp2/3)

Détail technique Le serveur du projet a été remplacé le 6 février dernier par un nouveau système de stockage RAID. Le projet a été hors ligne durant quelques heures, le temps d’effectuer ce changement.

Détails techniques 2 Les points distribués par le projet ont été jugés trop élevés par les contributeurs de la liste d’abonnés BOINC officielle, nous allons donc commencer à les réduire au cours des prochaines semaines. Les plaintes des utilisateurs d’ordinateurs plus anciens nous avait conduit à fixer les points à ce niveau là ; nous sommes désolé que le projet ne puisse pas continuer à attribuer le même nombre de points à ces machines

Statut du projet : Lorsque le nouveau serveur sera en place et que l’application preRC1 finale aura été distribuée, le projet entrera en phase "de production" avec les nouvelles unités améliorées et un système d’attribution des crédits revu.

Statut du projet 2 : De plus en plus de volontaires soutiennent QMC@home, la puissance de calcul du projet est actuellement de 35 TFlop/s. Pour utiliser pleinement cette précieuse ressource, nous projetons d’étendre notre projet avec une nouvelle partie qui s’intéressera à d’autres problèmes de chimie quantique. Une annonce officielle sera publiée en page d’accueil du site dans les semaines à venir (bien entendu, aucun calcul ne commencera avant cette annonce et nous continuerons à nous consacrer principalement à la chimie quantique de base)

Cordialement et merci de votre soutien exprimé durant l’année 2007 Martin (développeur du projet QMC@home)

    La date/heure actuelle est Jeu 25 Mai - 16:19